Die frühesten Seebacher waren Kelten und bewohnten unsere Gegend seit etwa 550 v. Chr. Die Kelten hatten eine Religion, welche noch stark schamanistisch geprägt war und sie huldigten dem Dämonenglauben. Mit dem Einmarsch der Römer in unsere Gegend um etwa 15 v. Chr. dürften die keltischen Ureinwohner nach und nach nicht nur die lateinische Sprache, sondern auch den römischen Glauben mit den vielen Göttern angenommen haben. Da die Alemannen, welche im Kanton Zürich um 600 allmählich zum christlichen Glauben übergingen, erst um etwa 800 in Seebach zu siedeln begannen, dürften die gallorömischen Ureinwohner den römischen Glauben noch bis über das Jahr 800 hinaus gepflegt haben. Erst mit der alemannischen Zuwanderung auch nach Seebach dürften die gallorömischen Urseebacher zum christlichen Glauben übergetreten sein. Bis zu diesem Zeitpunkt ist über sakrale Bauten in Seebach nichts bekannt.
Mit dem Bau einer kleinen Kapelle im Dorf um etwa 1050 bis 1150 dürfte es in Seebach erste Gottesdienste in dem Sinne gegeben haben, wie wir das heute verstehen. Bis zur Reformation in Seebach um 1528 waren alle Seebacher katholisch, denn es gab ausser einer relativ kleinen Gruppe von Juden bis dahin im Kanton Zürich nur diese eine Kirche. Es ist bis jetzt nicht ganz sicher, ob die bei Fundamentgrabungen 1961 zu Tage geförderten Grundmauern bei der Niklaus-Kapelle auf eine kleine Kapelle oder lediglich auf ein grösseres Heiligenstandbild schliessen lassen. Der zweite Bau, welcher auf 1350 bis 1450 zurück geht, dürfte aber bereits eine kleine Kapelle gewesen sein.
1424 erwarb die Stadt Zürich die Staatsgewalt. Kirchlich gehörte das Ausserdorf zu Kloten und das Dorf zu Rümlang. Die Seebacher besassen zu dieser Zeit kein eigenes Kirchengut, doch kam ab und an der Rümlanger Priester nach Seebach und las hier die Messe. Ansonsten mussten die Dörfler des Sonntags nach Rümlang und die Ausserdörfler sogar stets nach Kloten zur Messe.
In den 1520er Jahren erfolgte in Zürich die Reformation mit der Folge, dass immer mehr staatliche Anordnungen das Abhalten der katholischen Messe erschwerten. Ab 1525 war es im ganzen Kanton untersagt, den katholischen Gottesdienst zu halten. Sogar der Besuch einer katholischen Kirche ausserhalb des Kantons wurde den Zürchern verboten. Das gesamte katholische Kirchengut ging an den Staat über und dieser übergab dann die reinen Kirchenbauten an die fortan reformierte Kirche weiter. Vieles behielt er für sich. Auch die Seebacher St. Niklaus-Kapelle kam so zur reformierten Kirche, welche aber das Gebäude nicht für Gottesdienste nutzte, sondern es zu einem Wohnhaus (!) ausbaute, indem auf halber Höhe ein zweiter Holzboden im Kirchenschiff eingebaut wurde, sodass dort weitere Wohnungen eingerichtet werden konnten.
1663 richteten die Seebacher unter der Führung des Untervogts Heinrich Rümmeli ein Gesuch an den Rat von Zürich ein mit der Bitte, in Seebach eine eigene Kirche bauen zu dürfen. Dem Gesuch wurde entsprochen und bald darauf mit dem Bau gegonnen. Nach einem Jahr Bauzeit wurde die neue Kirche eingeweit. Da sie auf dem Fundament der alten Kirche erstellt wurde, bekam sie den gleichen Namen, nur wurde das «Sankt» jetzt weggelassen, da die Reformierten keine Heiligen mehr zuliessen. Die Kirchenglocken kamen etwas später hinzu. Erster Pfarrer war Hans Kaspar Wolff. Die Affoltemer wurden der Kirchgemeinde von Seebach zugeteilt, bekamen aber bereits 1683 ebenfalls eine eigene Kirche, bildeten aber noch bis 1703 mit Seebach zusammen eine gemeinsame Kirchgemeinde.
Mit dem Einmarsch napoleonischer Truppen im Jahre 1799 wurde es in Zürich wieder möglich, die katholische Messe zu halten. Aber die katholischen Aktivitäten wurden nach dem Abzug der Truppen noch während vieler weiterer Jahrzehnte behindert. Durch die Zuwanderung aus dem Tessin und aus Italien nahm aber die Zahl der Katholiken in Zürich immer mehr zu, sodass ab etwa 1875 diese Behinderungen nachliessen und gegen Ende des Jahrhunderts mit dem Bau erster, neuer katholischer Kirchen begonnen werden konnte. 1878 wird die Niklaus-Kapelle erstmals renoviert und mit einem grossen Jugendfest eingeweiht. 1928 gab es eine neue Orgel.
1935 entstand die katholische Kirche Maria Lourdes, 1948 die reformierte Markuskirche und 1966 die neuapostolische Kirche. Danach kamen weitere Gebetsräume anderer christlicher Bekenntnisse dazu und um 2000 bekamen auch die Moslems ein Gebetshaus. Heute ist die katholische Kirche wieder die grösste Glaubensgemeinschaft im Kanton, zweitgrösste sind die Reformierten, drittgrösste die Moslems.
Diese Kurzfassung hat noch provisorischen Charakter und wird im Laufe der Zeit verfeinert und noch stärker auf die Geschehnisse in Seebach ausgerichtet.